Flóra

Najvýznamnejších predstaviteľov  flóry predstavujú teplomilné druhy rastlín, ktoré vytvárajú veľké plochy na pieskovcovom podloží vo východnej časti územia. Sú tu skupiny rôznych druhov, ako poniklec lúčny, poniklec veľkokvetý, zlatofúz južný či kavyľ. Panónsky subendemit ľan chlpatý hladkastý, má najväčšie zastúpenie na Slovensku práve v CHKO Cerová vrchovina. Stredná vulkanická časť CHKO je bohatá na lesostepné spoločenstvá, ktorých predstaviteľmi sú kosatec nízky, kosatec dvojfarebný, hlaváčik jarný, kukučka vencová. Na lúkach sa vyskytuje vstavač obyčajný, vstavač purpúroví a črievičník papúčkový. ⁽²⁵⁾

Lesné ekosystémy sú zastúpené úž spomínanými druhmi ako dub cerový, dub zimný, dub letný. Vyskytujú sa tu všetky pôvodné druhy dubov a tiež dub plstnatý.
Zo skupiny bylín to sú ešte scila dvojlistá, jagavka konáristá i vzácny mechúrnik stromovitý. Svahy sú porastené mladými rastlinami bukovo-dubového vegetačného stupňa, pomiešané s hrabom. So skupiny bylín prevažuje prilbovka biela, prilbovka dlholistá a rôzne druhy kruštíkov. Chladnejšie a severne postavené svahy zaberajú dubovo-bukové spoločenstvá. Riečne brehy sú lemované jelšami, a to prevažne jelšou lepkavou, ďalej vŕbami s prevládajúcou vŕbou krehkou. Skupiny a podrobnejší rozpis najčastejšie vyskytujúcich sa druhov je uvedený nižšie. ^(25)(39)

Kosatec nízky, vstavač purpúrový, dub zimný ^(c)

Dreviny:

• dub zimný, dub letný, dub cer, buk lesný, hrab, borovica lesná, jelša lepkavá, vŕba krehká

Byliny:

pieskovcové podložie

• poniklec lúčny, poniklec veľkokvetý, zlatofúz južný, kavyľ, ľan chlpatý hladkastý

lesostepné spoločenstvá

• kosatec nízky, kosatec dvojfarebný, hlaváčik jarný, kukučka vencová, scila dvojlistá, jagavka konáristá, mechúrnik stromovitý, prilbovka biela, prilbovka dlholistá, krúštiky

lúčne spoločenstvá

• vstavač pupurový, vstavač obyčajný, črievičník papúčkový