Flóra

NP Slovenský raj je veľmi bohatý ekosystém s úžasnou koncentráciou rôznych druhov vegetácie spôsobenej veľkou členitosťou územia, tvorenými roklinami, náhornými plošinami, hydrologickou rozmanitosťou a špecifickým vývojom vegetácie v poľadovej dobe. Na území Slovenského raja sa vyskytuje množstvo karpatských a západokarpatských endemitov a reliktov. V NP sa nachádza viac ako 1000 druhov vyšších rastlín, 120 druhov machov, 80 druhov lišajníkov a 300 druhov húb. ⁽⁴⁾

Lesy zaberajú viac než 90 % povrchu územia parku a predstavujú najrozšírenejší biotop. Nakoľko je NP Slovenský raj v pomerne ťažko dostupnom teréne, mnoho lesov si zachovalo prirodzený charakter a činnosť človeka ich veľmi neovplyvnila.
Na skalnatých svahoch môžeme nájsť vápnomilné bukové lesy. Hlavným predstaviteľom je buk lesný so  smrekom, borovicou a jedľou obyčajnou. Vzácnejšie  môžeme natrafiť na tis obyčajný a s pomedzi kvetou narazíme na orchideie črievičník papučkový či prilbovky. Ďalšími významnými druhmi sú jedľovo - bukové lesy. Zástupcovia porastov: buk, jedľa, smrek. Reliktné borovicové a smrekové lesy s významným zástupcom borovicou lesnou, smrekom opadavým, z bylín poniklec slovenský či lykovec voňavý. Miesta s množstvom drobivých skál a nespevnených povrchov osídľujú lipovo javorové sutinové lesy. Predstaviteľmi sú javory, bresty, jasene,  z bylín je to napr. vzácny jazyk jelení. ^(4)(39)

Borovica, črievičník papučkový, buk lesný ^(c)

Lúky v NP Slovenský raj vznikli predovšetkým odlesnením, ktoré sa v minulosti používalo na kosenie trávy ako potravu pre chovné zvieratá. Zaberajú približne 5 % plochy. Dnes tieto lúky spásajú ovce, hovädzí dobytok alebo kone, ktoré sa chovajú na danom území. Na týchto lúkach sa dá nájsť viac než 70 druhov vyšších rastlín, a patria tak k druhovo najbohatším biotopom v Európe. Veľmi pestré lúky sú vápencového podložia, kde rastie mnoho kvitnúcich druhov, akými sú napr. šafran karpatský, červenohlav ihlanovitý, ľubovník bodkovaný či vstavačovec bazový. To je len pár z mnohá ďalších, ktoré sa na danom území vyskytujú. ⁽⁴⁾

Skalné útvary, ktoré sa nachádzajú v NP Slovenský raj, netvoria iba holé skaly, ale prekypujú životom. Ovplyvňuje ho mnoho podmienok, ktoré sú na niektorých miestach až extrémne. Bohatosť porastu závisí od geologického podložia, nadmorskej výšky, členitosti reliéfu či mikroklimatických podmienok. Podľa toho môžeme rastúce druhy rozdeliť na teplomilné a druhy, ktorým sa lepšie darí na tienistých alebo chladnejších miestach. Medzi teplomilné patria napr. cesnak bledožltý, jagavka konáristá,  marinka psia či zvonček sibírsky a mnoho ďalších. Medzi druhy vyskytujúce sa na chladnejších miestach patria fialka dvojkvetá, kortúza Matthioliho, stokráska Micheliho či tučníca alpínska. ^(4)(39)

Na území NP sa nachádzajú tiež početné rašeliniská a slatiny, ktoré vznikajú nahromadením organického odpadu vo vodnom prostredí, kde môžeme pozorovať napr. ostricu Davallovú, prvosienka pomúčená, praslička močiarna či parnasia močiarna. Veľmi blízkym biotopom sú stojaté a tečúce vody a pramene. Tu sa môžeme stretnúť s jelšou sivou, vŕbou krehkou a pod., v stojatých vodách môžeme nájsť ostricu zobáčikatú, ježohlava vzpriameného či veroniku potočnú. Pri prameňoch poľahky nájdeme rôzne machy, záružlie močiarne a žerušnicu lúčnu. ^(4)(39)

Lesy:

stromy

• buk lesný, smrek, borovica, jedľa, tis obyčajný, borovica lesná, smrekovec opadavý, javor, lipa, brest, jaseň

byliny

• črievičník papučkový, prilbovka, poniklec slovenský, dryádka osemlupienková, lykovec voňavý, jazyk jelení

Lúky a pasienky:

• šafrán karpatský, červenohlav ihlanovitý, vstavačovec bazový, ľubovník bodkovaný a iné

Skalisté územia:

• cesnak bledožltý, jagavka konáristá, rozchodník biely, marinka psia, zvonček sibírsky, ostrica nízka, fialka dvokvetá, kortúza Matthioliho, stokráska Micheliho, slezinník zelený, tučnica alpínska

Slatiny a rašeliniská:

• ostrica Davallova, prvosienka pomúčená, praslička močiarna, žltohlav európsky, parnasia močiarna, žabník skorocelový

Stojaté a tečúce vody, pramene:

stromy

• jelša sivá, vŕba krehká, vŕba trojtyčinková

byliny

• deväťsil, ostrica zobáčikatá, ježohlav vzpriamený, veronika potočná, záružlie močiarne, žerušnica lúčna